INEXTVIR: Red innovadora para formación y secuenciación de viromas de próxima generación

 Los virus vegetales causan el 50% de las enfermedades emergentes de las plantas y representan una amenaza importante para muchos cultivos agrícolas en todo el mundo. Mientras que en los países en vías de desarrollo estos virus tienen un impacto en la seguridad alimentaria, en los países desarrollados el impacto es predominantemente económico. A nivel mundial, los virus vegetales son responsables de pérdidas de producción estimadas entre 15.000 y 45.000 millones de euros al año debido a menores rendimientos y una menor calidad de los productos. 

Para contribuir a este desafío, INEXTVIR ha ofrecido un enfoque transdisciplinario de investigación y formación que combina virología vegetal fundamental y aplicada, ecología, desarrollo de plataformas NGS (Next Generation Sequencing), informática (bioinformática), ciencias agronómicas, socioeconómicas y regulatorias, para mejorar, comprender, controlar y explotar el viroma de cultivos y ecosistemas agrícolas seleccionados en toda Europa, generando beneficios políticos, económicos, industriales, sociales y ambientales. 

Los nuevos resultados generados dentro del proyecto permitieron elevar el nivel tecnológico del uso de la secuenciación de alto rendimiento (HTS) en virología vegetal y abrir nuevos horizontes para la investigación en varias direcciones. Los resultados del proyecto han contribuido al establecimiento de directrices tanto para el uso de HTS como para el diagnóstico de virus vegetales, incluida la definición y el establecimiento de controles específicos de procedimientos (se publicó la norma de la organización europea de protección fitosanitaria) como para la caracterización de virus (se publicó una nueva versión de las directrices). Además, se han desarrollado herramientas innovadoras que permiten monitorear la contaminación en experimentos HTS y una de las primeras implementaciones de aprendizaje profundo (Deep Learning) para el descubrimiento de virus. 

La gran cantidad de nuevos descubrimientos de virus vegetales dentro del proyecto ciertamente representa un paso más allá del estado del arte y ahora también permite abrir nuevas fronteras de investigación que estudien esos virus, así como descubrimientos adicionales de nuevos agentes virales que antes eran demasiado divergentes para ser detectados. Finalmente, se han dilucidado nuevas perspectivas en la ecología de los virus, por ejemplo, al proporcionar por primera vez ejemplos claros sobre cómo se pueden utilizar los viromas del agua para aumentar el conocimiento sobre la presencia y diversidad de los virus de las plantas en el ecosistema, que podrían emplearse en el futuro con fines innovadores para la vigilancia de virus en el medio ambiente. 

Por último, los nuevos hallazgos de virus, nuevos ensayos de diagnóstico, marcos de trabajo y árboles de decisión publicados durante el proyecto están siendo adoptados por organismos políticos de la UE, como la Organización Europea de Protección Fitosanitaria (una organización asociada en el proyecto, EPPO) y transferidos a los laboratorios de protección fitosanitaria más amplios de la UE a través de laboratorios europeos de referencia. Los conocimientos y la experiencia generados en el proyecto sobre la detección de virus en masas de agua en el medio ambiente también se han aprovechado para implementar en Eslovenia un seguimiento nacional del SARS-CoV-2 en las aguas residuales.